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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已表明出普遍的海洋生物可溶性，分为抗良性肿瘤和身体毒的功效。大部分，三萜是经过甲羟戊酸路经生成的，并从本身值物和真菌孢子中提现。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上先生发表了发表文章“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的学习论文怎么写。该学习看见三萜类单质虫草粉酸（GA）是在液态培育的无柄虫草粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的海洋海洋生物转成导致的。利用转录组和蛋清质组学技術性进步经历无柄虫草菌丝体中DHT导致不同虫草酸（GA）的体系，并会按照两组学技術性查测到的地域差异性DNA和地域差异性蛋清，得出DHT 海洋海洋生物制作而成 GA 的方法。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录成分析和技能分类整理

凭借对无柄野生灵芝细菌菌丝体开展转录组测序共获得67230个转录本和14299个单什么是表观遗传遗传。在这么多单什么是表观遗传遗传中，49二个被司法鉴定为差别表答方式什么是表观遗传遗传（DEGs），在这当中213个表答方式上涨，279个表答方式变动（图1A）。GO含有剖析后，DEGs可以分为生态学进程（BP）、体受损细胞材质（CC）和氧分子实用功能（MF）3类。在BP等级分类中，造成了前八个子等级分类：抗生素类可分解产生率率进程，冰醋酸盐产生率率进程和甲酸盐产生率率进程;而在CC等级分类中，体受损细胞外区、突触和好体、突触结构设计是前八个亚类。而言MF等级分类，甲酸脱氢酶（NAD）催化特异性、氧化物还原成酶催化特异性和酸氨（或酰胺）进行连接酶催化特异性是前八个亚等级分类（图1B）。在DEGs的KEGG通道剖析中，前30条含有度至高的通道有27条应属产生率率，在这当中二氧化氮产生率率、乙醛酸盐和二羧酸盐产生率率、丙酸盐产生率率走势通道可观含有（图1D）。

图1|转录酚类化合物析和模块等级分类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

用对无柄灵芝粉真菌孢子菌丝体来做出血清质组学研究定性定量定性研究介绍，至少制定了16,457种现代感肽、2606种血清质和2588种参考值血清质。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的需求要求下，你不在2606种血清质中，94种被签定为对比理解血清（DEPs），另外52种上涨，42种变动（图2A），图2C呈现了对比理解血清的聚类算法研究定性定量定性研究介绍热图。从GO研究定性定量定性研究介绍定性研究介绍，BP类型呈现，绝大部分数DEPs积极参与醋酸钠盐細胞产生率转化的整个全过程、抗生素类拆分細胞产生率转化的整个全过程和口服药拆分細胞产生率转化的整个全过程。CC类DEPs在細胞外区、过脱色物酶体和微体中总额非常高，脱色展现酶特异性和甲酸脱氢酶（NAD）特异性在MF类中DEPs的的比例非常高（图2B）。与转录组結果类似，KEGG通道研究定性定量定性研究介绍呈现，多个DEPs在細胞产生率转化中海洋生物工程海洋生物工程富集，另外3条最海洋生物工程海洋生物工程富集的手段是光合海洋生物工程中的碳统一、碳細胞产生率转化和MAPK警报通道（图2D）。与此同时，用研究定性定量定性研究介绍GO数据报告库的CC对DEPs来做出亚細胞精准定位研究定性定量定性研究介绍和注音（图2E），DEPs一般区域划分在細胞质（40.66%）、細胞膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），说法上是GAs海洋生物工程制成的一般地位。

图2|核苷酸质组的一定量了解和特点认可

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

为食物转成和比组得票率DEGs和DEPs拍摄了维恩图，有20个相互影响把你想展现出来遗传DNA遗传（图3A）。对转录组和血清质组中E组和C组一共有的DEGs/DEPs实施聚类算法浅析，会发现mRNA和血清质中有14个上涨遗传DNA遗传和4个上涨遗传DNA遗传，DEGs和她的当地翻译的DEPs把你想展现出来标准呈正相应，根据Pearson的相应数值浅析，在转录组和血清质组中论文检测到对应较高的相应性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）判断最终导致体现，E组和C组13个DEGs的表现的水平差距同质性，这当中9个为上浮DEGs，4个为变动DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表现趋势英文与转录成分析最终导致相同。

图3|血清质组的化学发光法解析和系统核实

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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